一、正确诊断，合理用药，严格掌握药物的适应性和理化特性
根据症状和病原作出正确诊断，多数疾病的后期会出现多种病原的混合感染，临床上常见的有车轮虫和细菌混合感染的烂鳃病，病毒和细菌混合感染引起的肠炎等，这时必须有针对不同病原的治疗方案。确诊后选择药物，并采用合理的投药方法。
二、坚持“以防为主，防重于治，无病早防，有病早治”的方针
提倡生态综合防治 用药物宜早不宜迟。鱼类发病后最早出现的症状是丧失食欲，不能摄食药饵，口服药物作用微小，而投用的药物对尚未发病的动物起到预防性的保护作用，预防比治疗显得更重要。发病后如果治疗太迟，发病率就会迅速增加，给进一步治疗带来困难。
三、内服外用药结合使用
两种给药具有不同的作用。对于细菌性疾病无论是体表还是全身感染都应内服和外用相结合，对于体表寄生虫感染，一般只需外用药物即可，但有时采用内服给药也可奏效。
四、强调综合治疗措施
应用抗菌药物治疗细菌性疾病，必须认识到鱼类自身免疫力的重要性，过分依赖抗菌药物，而忽视饲养管理及水质环境的改善常常是失败的'主要原因。
五、药物的选择
选用符合要求的药物，杜绝使用禁忌药物。选用的药物应是兽药典中所列的品种，尽可能选用中药或选用已经临床试验、安全性好、品质保证、残留量少、残留时间短的药物。对药物的残留标准和程度要做到心中有数，对常用药物更应了解其特性，必要时需要休药期，以避免盲目用药。在具体操作时，应尽量不用或少用抗生素，多用生物制剂和中草药。万不得已需要用抗生素时，要严格选用无公害水产品标准中批准使用的药物，且药物的佐剂搭配要适宜，剂量与用药周期要适当，严格遵守休药期制度。可以把不同的抗生素或抗生素与其它药物交替使用，这样既可避免抗药性，又可避免药物积累。使用抗生素时要听从病防技术人员指导，严禁使用明文规定的禁用药物。同时适当添加葡萄糖等碳水化合物等来调节养殖动物机体电解质，增强抗应激能力。
