由于分类的依据不同，分类方法也各异：
①根据抗原的免疫原性可将其分为完全抗原和半抗原(包括复合半抗原和简单半抗原)。既具备免疫原性又具备反应原性的物质如细菌、病毒、动物血清等为完全抗原;只具备反应原性，不具备免疫原性的物质为半抗原，如某些药物、寡糖、核苷酸等小分子化合物;
②根据抗原的.来源可将其分为外源性抗原(来自体外物质)和内源性抗原(来自机体本身);
③根据与淋巴细胞的关系可将其分为胸腺依赖性抗原和非胸腺依赖性抗原。前者在刺激B细胞产生抗体时，必须有T细胞协作。自然界中的多数蛋白质，以及含有多样化抗原决定簇的抗原，如红细胞、血清蛋白质、细菌等均属此类抗原，所产生的抗体大多是IgG.后者直接刺激B细胞产生抗体，无需T细胞参加。这类抗原在结构上的特点是：有一定密度的重复出现的抗原决定簇(如大肠杆菌脂多糖、右旋糖酐等)，所产生的抗体大多是IgM;
④根据抗原的化学组成可将其分为蛋白质、脂蛋白、脂多糖、多糖、糖蛋白、多肽、核酸等抗原;
⑤根据抗原的形成方式可将其分为天然抗原、结合抗原(没有免疫原性的半抗原通过化学方法结合在某种载体蛋白分子上)和合成抗原(用化学方法将某些氨基酸或核苷酸连起来而形成的原)。
结合抗原主要用于研究免疫反应的特异性和免疫应答的机制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子结构。的特异性和免疫应答的机制，合成抗原主要用于研究免疫原性的分子结构。
