房屋征收项目跟踪审计过程中应重点关注征收政策和标准的执行情况，程序、手续的完备情况，特殊问题的处理情况等，促使项目的建设真实、合法、高效地进行。根据审计实施的阶段，主要有以下几个重点：
(一)征收前期准备阶段
1、收集项目征收批准文件，审查是否办理“建设项目批准文件或符合国民经济和社会发展规划及年度计划的证明”、“用地预审意见或土地性质及符合土地利用总体规划的证明”、“规划选址意见书或符合城乡规划和专项规划的证明”等相关手续。
2、取得征收红线图，了解征收范围内房屋的性质，明确房屋不拆除的范围，以及文保、历史建筑和保留民居范围，对于红线外的房屋未办理法定征收手续，不得纳入本项目征收范围。
3、审查未经登记建筑调查、认定和处理的程序和依据是否合规，同时参与对未经登记建筑认定处理的评审。
4、审查评估机构的选定是否符合有关文件规定的程序。
5、拆房单位的选择应体现公平、公开的原则，拆房回收款价格应经过必要的招标或比价程序。
6、征收部门的'内控制度是否健全，职责权限是否明确，工作流程是否合理，衔接是否紧密，补偿安置资金是否实行专户存储、专款专用。
(二)征收补偿实施阶段
1、督促房屋评估单位按有关文件规定进行房屋征收补偿价格的评估，评估报告格式规范。
2、现场查看复核与评估同步进行。
3、审核评估报告初稿。
4、审查房屋征收补偿费用是否符合本项目征收补偿方案的各项规定，是否有超标准补偿的情况。
5、征收补偿资金拨付前，督促实施单位完成所有征收补偿审批手续，审批手续不齐全的，不予拨付补偿资金。
6、特殊情况和疑难问题(一事一议)的处理，如其他奖励补贴事项等，有关部门应及时通知审计机关参与。按照公开、公平、公正的原则严格程序，规定权限，完善手续，形成书面资料，并予以公示。
7、审查产权调换房结算价计算是否正确，是否符合产权调换房购买规定。
8、复核集体土地劳动力安置人口数量，同步参与特殊附着物的清点，审核资产评估报告。
(三)腾空拆房阶段
1、征收补偿协议签订后，应尽快归集补偿档案，并经审核后方可付款，付款后实施房屋拆除。杜绝出现先拆房后审计的情况。
2、审查结算过程和结算程序是否严密，有无挪用、冒用、占用征收补偿资金的情况。
3、房屋拆除范围是否与征收红线和文保范围一致，符合文保标准的房屋不得拆除。
4、审核拆房单位按实际拆除面积结算拆房回收款。
(四)竣工验收阶段
1、审查评估、征收服务费等各项经费是否按合同约定结算。
2、对征收补偿银行专户资金的运行情况进行核查。
3、要求房屋征收部门编制征收竣工图，妥善归集、保管全部征收补偿档案。
征收项目跟踪审计往往时间紧，任务重，即便如此，对于上述关键节点尤其不能马虎。对审计重点的掌控是控制审计风险的基本保证，通过全过程跟踪审计，对行业管理单位、征收实施单位、评估单位等的职务行为加以全面监督和预警，从而达到既保护国有资产、又维护群众利益的双目标。
